la historia empieza 14 años después del casi tercer impacto, el gobierno japonès decide desmantelar NERY y arrestar a su personal,durante los 14 años varios mienbros de NERY obtienen su libertad y deciden formar una organizacion llamada WILL-E cuyo suspuesto propósito es limpiar los mares, en realidad tratan de detener los planes de una nueva......